وی با اشاره به افزایش تعداد طلاب خواهر و برادر در حوزه تحقیق و پژوهش افزود: تحقیق روح حاکم بر تبلیغ و تدریس است و چنانچه برون داد نظام آموزشی به سمت تولید علم وتربیت محققان ومبلغان مهذب گام برندارد ابتر است. اساسا باید آموزش برای پژوهش و پژوهش برای آموزش باشد یعنی نظام آموزشی با هدف تربیت پژوهشگران توانمند متمایل شود و سازکار این مهم بازتعریف شود و از آن سو نیز حاصل تحقیق وپژوهش محققانی که فارغ التحصیل همین نظام آموزشی هستند مجددا به فرایند آموزش برگردد تا روزآمدی و عصری سازی علوم اسلامی محقق شود .
قائم مقام معاون پژوهش در امور استانهای حوزه‌های علمیه کشور با بیان اینکه تحقیق روح حاکم بر تدریس و تبلیع هم است تصریح کرد: تحقیق. پیش نیاز و وسیله کار یک مبلغ است و باید گفت مبلغی که محقق باشد می‌تواند یک سخنرانی نظام یافته را به دیگران انتقال دهد. همانگونه که یک مدرس محقق دردسته بندی واشراف برنظریات وروش تدریس پژوهش محور می تواند مسلط ترباشد .البته مامعتقدیم که پژوهش دوسطح دارد سطح عمومی وسطح تخصصی ;وقتی شعارهرطلبه یک پژوهشگر می دهیم یعنی سطح عمومی پژوهش و اما منظور از تربیت پژوهشگران مولد حیطه تخصصی آن است. درهمین راستا ما چندین سال شعارآموزش پژوهش محور را دادیم ولی هنوز جای یک جشنواره تدریس پژوهش محورخالی است تا ازتجربیات اساتید دراین راستا به یک وفاقی دست یابیم و روزی را شاهد باشیم که معاونت های آموزش و پژوهش و تربیت جشنواره آموزش پژوهش محورتربیت مدار را با هم کلید بزنند تا آموزش اصیل حوزوی با این رویکرد سه گانه درون فرایندی شکل بگیرد و هر سه مهم یعنی دانش و تحقیق و تهذیب با همدیگر گره بخورد نه با وضع موجود که به نظر می رسد تحقیق وتربیت وبال نظام آموزش اند نه بال آن.
امروزه بر اثر تراکم و حجم فراوان دروس تمام دل و ذهن اساتید و طلاب متوجه آموزش و یادگیری و متن محوری و محفوظات و مدرک گرایی شده که خطری بالقوه برای فرایند آموزشی است و طلاب پاسخگو به نیازهای در سطح منطقه ای, ملی و فراملی تربیت نمی شوند. در هر نشست و واگویه ای اساتید و طلاب فریاد استغاثه و استخلاص از وضع موجود و تغییر رویکردها سر می‌دهند. بحمدالله مدیر فرهیخته و معاونان فرزانه مرکز مدیریت این نجواها و مطالبات را استماع و با تهیه طرح وبرنامه های تحول گرایانه درصدد جلب موافقت شورای محترم سیاست گذاری برای برون رفت ازوضع موجود با شیب ملائم هستند که ان شاء الله بزودی شاهد این تغییر و تحول اساسی برای دست یابی به یک آموزش با نشاط با هدف پشتیبانی نظام اسلامی و پاسخگویی به نیازها و جامه عمل پوشاندن به منویات امام خامنه ای دربیانیه گام دوم درجهت پیشرفت علم وفن آوری و تولید علم و نظام سازی برای وصول به تمدن نوین اسلامی خواهیم بود
وی افزود : هم اینک در سطح حوزه‌های علمیه موضوع مهم پژوهش با تهیه نظام جامع مهارت ورزی پژوهش درسطوح عمومی وعالی گسترش یافته است و از سویی دیگر اساتید برتدریس پژوهش محور ومهارت ورزی پژوهشی توجهی عمیق یافته اند
حجت الاسلام اسحاقی گفت: رسالت حوزه و دانشگاه تولید علم است و به فرموده رهبری جامعه امروز به اقتصاد علم محور و پژوهش محور نیاز دارد تا به نیازهای اقتصادی,اجتماعی,فرهنگی و…باتولید علم درعرصه اسلامی وانسانی پاسخ بگوید لذا درمتون آموزشی حوزه‌های علمیه علاوه بر پژوهش محوری بر مقوله مهارت‌ورزی طلاب نیز تأکید شده است واستاد وطلبه توأمان ازاین مهم بهره مندشده اند.
اسحاقی اولویت رویکرد اصلی اساتید حوزه علمیه سراسر کشور را تحقق اهداف بیانیه گام دوم انقلاب عنوان کرد وتمرکز آنان بر پرسش سال یعنی نقش ورسالت اساتیدوطلاب در سندالگو و بیانیه گام دوم انقلاب اسلامی دانست وگفت دهها نشست علمی درون حوزوی وتعاملی وبرون حوزوی با دانشگاهها ونهادهای همسو برگزارشده و معاونت پژوهش حوزه نیزبا تهیه فراتحلیل وشرح بیانیه درپی طراحی متن آموزشی وسایر اقدامات موردنیازمی باشد که ان شاء الله باتصویب نهایی درکمیته بیانیه گام دوم_ که بادستور اکید مدیربصیر وانقلابی حوزه های علمیه شکل گرفته گام های مؤثرتری در نهادینه سازی آموزه های سندالگو وبیانیه برخواهد داشت
حجت الاسلام اسحاقی گفت: کرسی‌های آزاداندیشی و برگزاری نشست‌های علمی از دیگر برنامه‌های اولویت دار حوزه‌های علمیه است که انتظارمی روددراین ماه با بازخوانی عوامل پیروزی ودستاوردها وذکربرکات انقلاب اسلامی در کرسی ونشست های عالمانه وصمیمانه, تمهید لازم برای مشارکت حداکثری آحادمردم درانتخابات فرارو و نقش آفرینی آنان دراین پیچ مهم تاریخی بدست آید.
