با گسترش حوزه علمیه قم و به تبع آن افزایش تعداد مدارس و مراکز وابسته به حوزه علمیه در سراسر کشور، ایجاد مرکزی به عنوان متولی امور مربوط به تحقیق و پژوهش ضروری می نمود لذا از سال ١٣٧٣ و با انتصاب حجت الاسلام و المسلمین سید محمد غروی به عنوان معاونت مدیریت در بخش تحقیقات، سامان بخشی به نظام پژوهشی حوزه علمیه قم نیز شکل تازه ای به خود گرفت. این مرکز از سال ١٣٧٨ به معاونت پژوهش حوزه‌های علمیه کشور تغییر نام یافت.