تشکیل مرکزی مستقل برای پیگیری امور مربوط به تحقیق و پژوهش در حوزه‌های علمیه از سال 1373 با عنوان معاونت مدیریت در بخش تحقیقات آغاز شد. سپس در سال 1378 با گسترش فعالیت‌های پژوهشی در سطح حوزه‌های علمیه و بنابر تاكید مقام معظم رهبرى^{مدظله العالى} ایجاد مرکزی با عنوان «معاونت پژوهشی مرکز مدیریت حوزه های علمیه» بنا نهاده شد.

یكی از چالش‌زاترین مباحث در حوزه مدیریت و برنامه‌ریزی، تصمیم‌گیری دربارۀ نوع و ماهیت پژوهش‌ها است. این سؤال عمده كه دربارۀ چه چیزی باید پژوهش شود و كدام موضوعات یا عنوان‌ها ارزشمندتر هستند، پرسشی است كه ادبیات برنامه‌ریزی پژوهشی را بیش از نیم قرن به خود مشغول كرده است. آنچه عملاً در دوران معاصر بسیار متداول است، تصمیم‌گیری دربارۀ برنامه‌های پژوهشی براساس نظریات محدود و كمیته‌ای خاص است كه عمدتاً بدون بررسی‌های جامع و عمیق صورت می‌پذیرد. نتیجه نهایی این فرایند، عبارت است از طراحی و اجرای برنامه‌هایی كه فاقد اثربخشی لازم بوده و در عمل با مشكلات فراوانی روبرو هستند. نظام برنامه‌ریزی پژوهشی حوزه‌های علمیه نیز از این امر مستثنی نیست. از این‌رو معاونت پژوهش حوزه‌های علمیه در نیمه دوم سال 1386 «دفتر مطالعات پژوهشی» را راه‌اندازی کرد و سپس این دفتر به «مدیریت مطالعات و برنامه‌ریزی پژوهشی» ارتقاء یافت.

این مدیریت از بدو تأسیس تغییراتی از جهت ساختار و نیروی انسانی داشته است، ولی پایه شرح وظایف آن تقریبا ثابت بوده و کادر آن چابک شده در گذر زمان بر اساس مسئولیت‌های جدید، توسعه یافته است. این مدیریت در ابتدا بیشتر نقش صف را ایفا کرده و خود، متولی این پژوهش بود، ولی هم‌اکنون، به صورت ستادی، پروژه‌های خود را پیگیری می‌کند.

این مدیریت متشکل از دو اداره «مطالعات و برنامه‌ریزی پژوهشی» و «نظارت و ارزیابی پژوهشی» تشکیل شده است.