در احکامی که توسط آیت الله علیرضا اعرافی صادر شده، حجت الاسلام والمسلمین مهدی رستم نژاد به عنوان معاون آموزش، حجت الاسلام والمسلمین سید حسین میرمعزی معاون پژوهش، سید مصطفی حسینی نژاد معاون منابع انسانی و پشتیبانی منصوب شدند.
بر پایه این گزارش آیت الله اعرافی در احکام دیگری حجت الاسلام والمسلمین مهدی رجائی نیا به عنوان مسئول برنامه ریزی و نظارت راهبردی، حجت الاسلام والمسلمین محمد حسین بهرامی به عنوان مسئول مرکز فناوری اطلاعات، حجت الاسلام والمسلمین محمود ملک دار به عنوان مسئول مرکز امور طلاب و دانش آموختگان، حجت الاسلام والمسلمین مجتبی فاضل به عنوان مسئول مرکز امور صیانتی و حجت الاسلام والمسلمین فرحانی را به عنوان دستیار ویژه مدیر حوزههای علمیه و عباس علم الهدی را به عنوان مشاور و مسئول حوزه مدیریت و دبیر شورای معاونین منصوب کرد.
مدیر حوزههای علمیه همچنین در احکام جداگانهای حجج اسلام والمسلمین سید علی عماد، حمید ملکی، حبیب الله غفوری، را به عنوان مشاوران خود در امور پژوهشی، آموزشی و استانها منصوب کرد.
آیت الله اعرافی ضمن تقدیر از معاونان و مدیریتهای سابق برای مدیران جدید آرزوی توفیق کرده است.