اين اثر در پنج فصل با عناوين مراحل مقدماتی، مراحل مفهوم‌يابی، شيوه‌های گسترش يا فشرده‌سازی تحقيق، راهكارهای تدوين و تأليف و نمونه‌هايی از تحقيق موضوعی در قرآن كريم به نگارش درآمده است.
آنچه در مقدمه كتاب آمده نشان می‌دهد كه كتاب در پی آن است كه باب تدبر و تحقيق در قرآن را كه به تعبير حضرت امام خمينی(ره) قرن‌هاست به روی بيشتر مردم مسدود شده است تا جای ممكن به روی همگان بگشايد تا گروه‌های مختلف مردم فوج، فوج، به باغ‌ها و بستان‌های زيبای قرآنی درآيند و به تناسب ذوق و نيازشان از ميوه‌های رنگارنگ شاخسارهای در هم تنيده آن با دستان خويش خوشه‌چينی كنند.
در بخش نخست با عنوان مراحل مقدماتی، انتخاب عنوان و كليد‌واژه‌های آن، آماده‌سازی اوراق اوليه تحقيق موضوعی، نگارش صفحه عنوان و ثبت گزارش آغاز تحقيق، تقسيم كلام‌الله مجيد به 555 واحد موضوعی و ثبت آمار و ارقام مربوط به كاربرد كليد واژه‌ها در قرآن مجيد، از مهمترين موضوعاتی است كه در اين بخش مورد بررسی قرار گرفته.
مؤلفان در بخش دوم با عنوان مراحل مفهوم‌يابی، نگارش متن كامل آيه اصلی با ذكر شماره رديف و نشانی، تلاوت مكرر آيه، بررسی مفاهيم آيه، بررسی مفاهيم آيه در سياق آن، بازنگری سراسری مفاهيم و مراجعه به متون تفسيری را مورد بحث و بررسی قرار داده‌اند.
شيوه‌های گسترش يا فشرده‌سازی تحقيق، عنوان فصل سوم است كه راه‌های گسترده‌سازی تحقيق‌های موضوعی و راه‌های فشرده كردن تحقيق‌های موضوعی را مورد توجه قرار داده و نگارش دستاوردهای مطالعه، تحقيق، كارگاه‌ها و كلاس‌های تحقيق موضوعی در قرآن كريم را در فصل چهارم بررسی كرده است.
در فصل پنجم، يتيم در قرآن، توكل در قرآن، سيمای منافقان در قرآن، عمران در قرآن، مديريت در قرآن، شفا در قرآن و نماز در قرآن و نمونه‌های عملی نحوه نگارش اوراق مفهوم‌يابی در فصل پنجم بررسی شده است و طرح جامع آموزش زبان قرآن، سوره‌شناسی يا قرآن‌شناسی تفصيلی، تفسير سوره‌شناختی آيات و كتاب‌نامه، پايان‌بخش كتاب «روش تحقيق موضوعی در قرآن كريم» است.
